وی از جمله نویسندگان و روشنفکرانی بود که در سری قتل‌های موسوم به قتل هاى رنجیره اى توسط عوامل وزارت اطلاعات در صبح روز دوم آبان ماه ۱۳۷۴ هنگامی که از منزلش به سوی کتابفروشی محل کارش در حرکت بود ناپدید و جسم بی‌جان او در حدود ساعت ۱۰ شب در کوچه‌های خیابان میر اصفهان پیدا شد. بعدها معلوم شد که احمد میرعلایی بر اثر تزریق انسولین از ناحیه دست راست دچار ایست قلبی شده بود. او از امضاکنندگان متن نامه ما نوبسنده ایم و همچنین متن اعتراض به دستگیری سعیدی سیرجانی بود. علاوه بر فعالیت‌های فرهنگی فوق بسیاری ملاقات او با وى. اس، نایپول در سفرش به ایران را از دلایل خشم نیروهای امنیتی می‌دانند؛ فرج سرکوهی در کتاب خود اشاره می‌کند در سفر وی.اس. نایپول، دولتی‌ها اجازه نمی‌دادند تا نویسندگان مستقل با او دیدار کنند ولی او از فرصتی استفاده می‌کند و برای دیدار با مترجم کتابش، «هند تمدن مجروح»، به اصفهان می‌آید و میر علایی در این نشست و برخاست چند روزه تصویری واقعی و متفاوت با گفتار دولتیان به نیپول ارائه می‌دهد که در ذهنیت نیپول و گزارشش از سفر ایران تأثیر تعیین‌کننده‌ای می‌گذارد ، احمد میرعلایى زاده ٢١ فروردین ١٣٢١ و در ٢ آبان ١٣٧۴ در فتل هاى موسوم به زنجیره اى جان خود را بر کف آزادی گذاشت و نام نیکى از خود برجاى نهاد ، یادش گرامى